El Museo tiene su origen en el siglo XIX como consecuencia de las leyes de Desamortización Eclesiástica que promulgó Mendizábal a partir de 1835 y de la
expulsión de las órdenes religiosas. Los bienes de la Iglesia fueron declarados de propiedad nacional y en ellos se incluían los inmuebles y su contenido. Para hacerse cargo de este patrimonio artístico abandonado a su suerte, en 1844 se crean las Comisiones Provinciales de Monumentos y toda la preocupación de la Comisión de Logroño fue recolocar en las parroquias los bienes que eran objeto de devoción y crear el Museo Provincial con el resto.
El primer intento de museo se hizo en 1848 en la iglesia de San Bartolomé con un presupuesto de 17.490 reales, que no llegó a realizarse, y hasta 1889 no cuenta con la primera instalación en unas salas de la Beneficencia Provincial cedidas por la Diputación Provincial, donde por fin abre sus instalaciones al público en 1892 bajo el nombre de Museo de la Provincia. A la colección de arte religioso se añaden monedas y algunos hallazgos arqueológicos que recibía la Comisión como responsable del Patrimonio Histórico.
Por los mismos años, en el Instituto General y Técnico, actual Instituto Sagasta, se instalaba el Museo de Logroño formado por vaciados de escultura, y pintura depositada por el Museo del Prado de época barroca y de fechas contemporáneas procedente de las Exposiciones Nacionales de Bellas Artes que llegaron a Logroño a través de sucesivas Reales Ordenes entre 1902 y 1922.
Sin embargo, la actividad del Museo de la Provincia y del Museo de Logroño no fue la de verdaderos museos en ningún caso, pues carecieron siempre de técnicos especialistas que se ocuparan de sus colecciones, y hubo que esperar al 11 de julio de 1963 cuando finalmente se crea por Decreto el Museo de Logroño, hoy Museo de La Rioja tras el cambio de nombre de la provincia, con todos los fondos de los centros anteriores y se abre al público en diciembre de 1971.