El Museo de La Rioja está instalado en un palacio construido a mediados del siglo XVIII por don Pedro Ruiz de la Porta, Regidor Perpetuo de la Ciudad de Logroño,
que a su muerte pasó a la familia Martínez de Sicilia. Sin embargo el edificio es conocido como Palacio de Espartero, porque tras su matrimonio con Jacinta Martínez de Sicilia vivió en él el general Baldomero Espartero después de su retirada definitiva de la política en 1856.
El matrimonio muere sin hijos y hereda el palacio doña Vicenta Martínez de Sicilia y Fernández de Luco, Marquesa de La Habana, hermanastra de doña Jacinta, que lo alquila en 1881 como sede del Gobierno Militar. Pero en 1882 el Gobierno dicta el Decreto de traslado de las sedes episcopales a las capitales de provincia en cumplimiento del Concordato firmado con la Santa Sede, y la Marquesa de La Habana ofrece el palacio al Estado para Palacio Episcopal y Tribunal Eclesiástico. La venta se hace efectiva en 1884 por un importe de 110.000 pesetas y entre 1886 y 1888 se acomete una
profunda reforma, costeada por el Ayuntamiento, bajo el mandato del alcalde José Rodríguez Paterna y la dirección del arquitecto municipal Luis Barrón, que entre otras cosas sustituye el escudo de la fachada por uno episcopal.
Pero pese a esta intensa reforma el obispo no llegó a trasladarse y se fueron sucediendo las instituciones que lo ocupaban total o parcialmente: el Asilo de Santa Rosa desde 1900, para acoger a los hijos de las trabajadoras de la cercana Tabacalera y otras fábricas. En 1912, la Casa Cuna del Niño Jesús y la Caja de Ahorros, y en 1914 se incorporó la Cámara de Comercio y el Círculo Artístico. En 1932 se intentó el desalojo del edificio para instalar el Archivo Histórico de la Provincia, pero nunca se llevó a cabo. Y por último, se inauguró en 1971 el Museo de Logroño que se había creado en 1963.